人体共生微生物已被证实与多种复杂疾病有关，对共生菌群的研究，不仅可以规范个人健康管理，也能为公共卫生政策的制定提供指导。本书主要围绕人体共生微生物的致病机理，讲述从出生到衰老的各个阶段，人体各部位（肠道，口腔/呼吸道，皮肤及生殖道）的共生微生物如何随着环境、饮食、免疫反应等发生改变。书中介绍了微生物中包含了哪些对预测疾病风险有帮助的信息，讨论了随着高通量测序的成熟，微生物关联分析实验的设计原则，例如微生态，因果推断等。每章配有开放性的思考题，用来启发读者结合自身领域，思考宏基因组学潜在的应用场景。

李莹，重庆师范大学生物化学与分子生物学硕士，从事基因组学与宏基因组学科研项目管理工作十余年，作为致力于宏基因组学领域前沿技术开发与应用研究**团队的一员，多次撰写校对本领域研究材料，对如何向广泛的受众传达细致专业的基因组学知识有独道深刻的认知和理解。

序　言 自人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）保质、保量、提前两年于2003年4月宣布完成既定计划以来，以基因组学为先导的“组学”（omics）已经有了新的、重大的进展，并且催生了很多新的学科，其中最为重要的新学科便是宏基因组学（metagenomics）。 宏基因组学（尽管中译词在学术方面仍有不同意见，另一中译是“微生物组群”）最为重要的意义是使我们第一次较为充分地意识到人类还有“另外一个基因组”（our other genome），这使我们对微生物世界以及整个生命与非生命世界的相互作用方面的理解上升到了一个新的高度。 宏基因组学的研究一般是指一个环境或自然（生态）的样本中的所有微生物物种的全基因组分析研究，这也在一定意义上丰富了我们对生物 “样本”的认识。当然，宏基因组也针对我们人体器官及体液中的所有微生物，包括细菌、病毒以及真菌，这些微生物组群存在于我们的胃肠道及所有其他组织/器官及体液之中，与食物消化、营养摄入、物质/能量代谢、废物排泄、疾病发生，以至于信号传导及基因调控网络息息相关。 自HGP完成以来，宏基因组学得到了国内外研究者的广泛关注，特别是中国科学家于2010年在《自然》杂志上发表第一张关于人类肠道微生物组群基因的综合目录，在癌症和其他疾病中都发现了很多关联微生物，可以说这是人类对自己了解的一小步，也是我们对体内以至于整个生命世界多样性的认识的一大步。 从技术方面来说，宏基因组学技术摒弃了传统上的微生物研究总是先分离、再培养至纯种鉴定，最后再测序进行分析的传统程序（即摸索培养条件并分别培养分离出每种微生物等烦琐步...